Во внешнеполитическом плане первостепенное значение приобрели для нее вопросы воссоединения Украины с Россией и войны с Речью Посполитой, что было связано с началом в 1648 г. освободительной войны украинского народа против власти шляхетской Польши (уже в 1649 г. в Москву прибыл представитель Б. Хмельницкого С. Мужиловский с предложением принять Украину под власть России). Приступать к решению этих вопросов, не устранив религиозно-обрядовых расхождений между русской и греческой церквами и не преодолев отрицательного отношения русских православных иерархов к церкви Украины, было, по меньшей мере, неосторожно. Однако, события 1649 - 1651 гг. в церковной сфере и особенно ухудшение взаимоотношений между светской и церковной властями сыграли отчасти и положительную роль. Их следствием было то, что царь и его ближайшее светское окружение почувствовали сложность и грандиозность перемен, которые предстояло осуществить в религиозной области, и невозможность проведения такого рода реформы без теснейшего союза с церковной властью. Алексей Михайлович понял также, что недостаточно иметь во главе церкви сторонника такой реформы. Успешное осуществление преобразования церковной жизни России по греческому образцу было доступно только сильной патриаршей власти, обладавшей самостоятельностью и высоким политическим авторитетом и способной централизовать церковное управление. Это определило последующее отношение царя Алексея к церковной власти.

     Выбор царя пал на Никона, и этот выбор поддержал царский духовник Стефан Вонифатьев. Казанский митрополит Корнилий и находившиеся в столице ревнители благочестия, не посвященные в планы царя, подали челобитную с предложением избрать в патриархи Стефана Вонифатьева, наиболее влиятельного и авторитетного члена кружка. Реакции царя на челобитную не последовало, а Стефан уклонился от предложения и настойчиво рекомендовал своим единомышленникам кандидатуру Никона. Последний тоже был членом кружка. Поэтому ревнители благочестия в новой челобитной царю высказались за избрание в патриархи Никона, бывшего тогда новгородским митрополитом.

     Никон (до пострижения в монахи—Никита Минов) обладал всеми нужными царю Алексею качествами. Он родился в 1605 г. в Нижегородском уезде в семье крестьянина. Богато одаренный от природы энергией, умом, прекрасной памятью и восприимчивостью, Никон рано, с помощью сельского священника, овладел грамотой, профессиональными знаниями служителя церкви и уже в 20 лет стал священником в своем селе. В 1635 г. он постригся в монахи в Соловецком монастыре и был назначен в 1643 г. игуменом Кожеозерского монастыря. В 1646 г. Никон по делам монастыря оказался в Москве, где и встретился с царем Алексеем. Он произвел самое благоприятное впечатление на царя и потому получил место архимандрита влиятельного столичного Новоспасского монастыря. Новоиспеченный архимандрит сблизился со Стефаном Вонифатьевым и другими столичными ревнителями благочестия, вошел в их кружок, неоднократно беседовал о вере и обрядах с иерусалимским патриархом Паисием (когда тот находился в Москве) и стал активным церковным деятелем. Перед царем он выступал чаще всего в качестве ходатая за бедных, обездоленных или невинно осужденных, и завоевал его расположение и доверие. Став в 1648 г. по рекомендации царя новгородским митрополитом, Никон проявил себя как решительный и энергичный владыка и ревностный поборник благочестия. Царю Алексею Михайловичу импонировало и то, что Никон отошел от точки зрения провинциальных ревнителей благочестия на церковную реформу и стал сторонником плана преобразования церковной жизни России по греческому образцу.

     Никон считал себя единственным реальным кандидатом в патриархи. Суть его далеко идущих планов сводилась к тому, чтобы ликвидировать зависимость церковной власти от светской, поставить ее в церковных делах выше царской власти и самому, став патриархом, занять, по меньшей мере, равное с царем положение в управлении Россией.

     Решительный шаг последовал 25 июля 1652 г., когда церковный собор уже избрал Никона патриархом и царь одобрил результаты выборов. В этот день в кремлевском Успенском соборе для посвящения новоизбранного в патриархи собрались царь, члены царской фамилии, боярская дума и участники церковного собора. Никон появился лишь после посылки к нему ряда делегаций от царя. Никон объявил, что не может принять сан патриарха. Свое согласие он дал только после «моления» царя и присутствовавших в соборе представителей светской и церковной власти. Этим «молением» они, и, прежде всего царь Алексей Михайлович, обязались слушаться Никона во всем, что он будет «возвещать» им о «догматах божиих и о правилах», слушаться его «яко начальника в пастыря и отца краснейшаго». Этот акт существенно поднял престиж нового патриарха.

     Светская власть приняла условия Никона потому, что считала эту меру полезной для проведения церковной реформы, а самого патриарха - надежным сторонником плана реформы. Более того, ради решения первоочередных внешнеполитических задач (воссоединение с Украиной, война с Речью Посполитой), чему должна была содействовать церковная реформа, светская власть пошла на новые уступки. Царь отказался от вмешательства в действия патриарха, затрагивавшие церковно-обрядовую сферу. Он допустил также участие Никона в решении всех интересовавших патриарха внутриполитических и внешнеполитических дел, признал Никона своим другом, и стал именовать его великим государем, то есть, как бы пожаловал ему титул, который из прежних патриархов имел только Филарет Романов. В итоге возник тесный союз светской и церковной властей в форме «премудрой двоицы», то есть царя и патриарха.

     Патриарх Никон вскоре после своего избрания стал самовластным владыкой русской церкви. Он начал с устранения вмешательства в церковные дела своих прежних единомышленников по кружку ревнителей благочестия. Никон даже велел не допускать к себе протопопов Ивана Неронова, Аввакума, Даниила и других. Их жалобы не поддержали ни царь, ни Стефан Вонифатьев, ни Ф. М. Ртищев, которые уклонялись от вмешательства в действия патриарха.

     Уже в конце 1652 г. некоторые из настоятелей монастырей, чтобы угодить Никону, стали раболепно именовать его великим государем. Их примеру последовали архиереи. В 50-х годах XVII в. благодаря энергичной и решительной деятельности Никона был осуществлен комплекс мер, которые определили содержание и характер церковной реформы.

4. Церковная реформа

     Ее проведение началось весной 165З г., почти сразу же после принятия царем и боярской думой окончательного решения о включении Украины в состав Российского государства. Это совпадение не было случайным.

     Первым шагом стало единоличное распоряжение патриарха, затронувшее два обряда, поклоны и перстосложение при крестном знамении. В памяти от 14 марта 1653 г., разосланной по церквам, было сказано, что впредь верующим «не подобает во церкви метания творити на колену, но в пояс бы всея творити поклоны, еще же и трема персты бы есте крестились» (вместо двух). При этом в памяти не содержалось никакого обоснования необходимости данной перемены в обрядах. К тому же предписание патриарха не было подкреплено авторитетом церковного собора. Такое начало реформы нельзя назвать удачным. Ведь это решение затронуло наиболее привычные обряды, которые духовенство и верующие считали показателем истинности своей веры. Поэтому неудивительно, что изменение поклонов и перстосложения вызвало недовольство верующих. Открыто это выразили провинциальные члены кружка ревнителей благочестия. Протопопы Аввакум и Даниил подготовили обширную челобитную, в которой указали на несоответствие нововведений установлениям русской церкви. Челобитную они подали царю Алексею, но царь передал ее Никону. Распоряжение патриарха осуждали также протопопы Иван Неронов, Лазарь и Логгин и дьякон Федор Иванов. Их суждения сеяли недоверие и враждебность к реформе и, конечно же, подрывали авторитет патриарха. Поэтому Никон решительно пресек протест своих прежних единомышленников. Ивана Неронова он сослал под крепкий надзор в Спасокаменный монастырь в Вологодском уезде, Аввакума - в Сибирь, Даниила - в Астрахань, лишив его сана священнослужителя, и т. д. Кружок ревнителей благочестия распался и прекратил свое существование.

Последующие решения Никона были более обдуманными и подкреплялись авторитетом церковного собора и иерархов греческой церкви, что придало этим начинаниям видимость решений всей русской церкви, которые поддержала «вселенская» (то есть константинопольская) православная церковь. Такой характер имели, в частности, решения о порядке исправлений в церковных чинах и обрядах, утвержденные весной 1654 г. церковным собором.

     Перемены в обрядах были осуществлены на основе современных Никону греческих книг и практики константинопольской церкви, сведения о которой реформатор получал главным образом от антиохийского патриарха Макария. Решения об изменениях обрядового характера были утверждены церковными соборами, созванными в марте 1655 г. и в апреле 1656 г. Эти решения ликвидировали различие в церковно-обрядовой практике между русской и константинопольской церквами. Большинство перемен касалось оформления церковной службы и действий священно- и церковнослужителей во время богослужения. Всех верующих затронула замена двоеперстия на троеперстие при совершении крестного знамения, «трисоставного» (восьмиконечного) креста на двоечастный (четырехконечный), хождения во время обряда крещения по солнцу («посолонь») на хождение против солнца и некоторые другие перемены в обрядах.

     Существенное значение для служителей церкви и верующих имело также исключение из служб, в основном из литургии, архиерейской молитвы, отпуста и некоторых ектений. Это повлекло за собой значительное сокращение объема текста, укорочение церковной службы и способствовало утверждению «единогласия».

     В 1653 - 1656 гг. проводилось также исправление богослужебных книг.  Официально необходимость в исправлениях мотивировалась на соборе 1654 г. тем, что в старопечатных книгах было много ошибок, вставок, и тем, что русский богослужебный чин очень существенно отличался от греческого. Для этого было собрано большое количество греческих и славянских книг, в том числе и древних рукописных. Из-за наличия расхождений в текстах собранных книг справщики (с ведома Никона) взяли за основу текст, являвшийся переводом на церковнославянский язык греческого служебника XVII в., который, в свою очередь, восходил к тексту богослужебных книг XII—XV вв. По мере сравнения этой основы с древними славянскими рукописями в ее текст вносили отдельные исправления. В итоге в новом служебнике (сравнительно с прежними русскими служебниками) отдельные псалмы стали короче, другие -  полнее, появились новые слова и выражения, троение «аллилуйи» (вместо двоения), написание имени Христа Иисус (вместо Исус) и т. д. Новый служебник был одобрен церковным собором 1656 г. и вскоре опубликован.

     За семь веков, прошедших после религиозной реформы князя Владимира, весь греческий богослужебный чин очень изменился. Двоеперстие  (вошедшее в обычай взамен прежнего единоперстия), которому первые греческие священники научили русских и балканских славян и которое до середины XVII века держалось также в киевской и сербской церкви, в Византии заменилось пол влиянием борьбы с несторианами троеперстием (конец XII века); также изменилось перстосложение при благословении; все богослужебные чины стали короче, некоторые важные песнопения были заменены другими. Так, были изменены и сокращены чины миропомазания и крещения, покаяния, елеосвящения и брака. Больше всего изменений оказалось в литургии. В результате, когда Никон заменил старые книги и обряды новыми, получилось как бы введение «новой веры».

     Большинство духовенства отнеслось к новоисправленным книгам отрицательно. К тому же среди приходского духовенства и монахов было много малограмотных, которым приходилось переучиваться с голоса, что было для них очень трудным делом. В таком же положении оказалось большинство городского духовенства, и даже монастыри.

5. Падение Никона

     Никон и в решении дел, относившихся к компетенции царской власти, стал в 1654—1656 гг. «великим государем», фактическим соправителем Алексея Михайловича. Летом 1654 г., когда в Москве вспыхнула эпидемия чумы, Никон содействовал выезду царской семьи из столицы в безопасное место.

     Во время войны с Речью Посполитой и со Швецией царь надолго покидал столицу. В эти месяцы Никон играл роль главы правительства и самостоятельно решал гражданские и военные дела. Правда, для наблюдения в Москве оставалась комиссия боярской думы, а более важные дела пересылали для решения в поход царю и боярской думе. Но Никон подчинил комиссию боярской думы своей власти. В отсутствие царя, она стала докладывать все дела ему. В приговорах по делам появилась даже формула: «...святейший патриарх указал и бояре приговорили». Для докладов члены комиссии боярской думы и приказные судьи являлись в патриарший дворец и здесь ожидали приема. Во время приемов Никон вел себя надменно, в том числе и по отношению к самым родовитым боярам. Это поведение патриарха задевало спесь царедворцев, но в 1654—1656 гг. они не только терпели, но и раболепствовали перед ним.

     Самомнение Никона и его активность росли вместе с успехами внешней политики России, так как в определении ее курса он тоже принимал деятельное участие.

     Но за неудачи 1656—1657 гг. во внешней политике окружение царя возложило вину на Никона. Активным вмешательством буквально во все дела государства и стремлением навязать всюду свои решения, в том числе путем угроз (по меньшей мере, дважды из-за несогласия царя с его «советами» Никон угрожал оставлением патриаршей кафедры), стал тяготиться и царь. Началось охлаждение отношений между ними. Патриарха реже стали приглашать в царский дворец, Алексей Михайлович все чаще общался с ним с помощью посыльных из царедворцев и делал попытки ограничить его власть, с чем, конечно, не желал мириться Никон. Эту перемену использовали светские и духовные феодалы. На Никона возводились обвинения в нарушении законов, корыстолюбии и жестокости.

     Открытое столкновение между царем и патриархом, которое привело к падению Никона, произошло в июле 1658 г. Поводом для него послужило оскорбление окольничим Б. М. Хитрово патриаршего стряпчего князя Д. Мещерского 6 июля во время приема в Кремле грузинского царевича Теймураза (Никон не был приглашен). Патриарх письмом потребовал от царя немедленного наказания Б. М. Хитрово, но получил лишь записку с обещанием расследовать дело и увидеться с патриархом. Никон не удовлетворился этим и расценил происшествие как открытое пренебрежение к его сану главы русской церкви. 10 июля 1658 г. царь не появился на торжественной обедне в Успенском соборе. Пришедший вместо него князь Ю. Ромодановский сказал Никону: «Царское величество почтил тебя как отца и пастыря, но ты этого не понял, теперь царское величество велел мне сказать тебе, чтоб ты впредь не писался и не назывался великим государем и почитать тебя впредь не будет». По окончании службы Никон объявил об оставлении патриаршей кафедры. Он рассчитывал, что его беспрецедентный шаг вызовет замешательство в правительственных кругах и в стране, и тогда он сможет диктовать условия своего возвращения царю. Подобное положение не устраивало царскую власть.