1.1.2 Построение рестрикционных
карт
Ферменты рестрикции
стали эффективным инструментом
исследования. Они позволяют превращать
молекулы ДНК очень большого
размера в набор фрагментов
длиной от нескольких сотен
до нескольких тысяч оснований.
С помощью метода электрофореза
в агарозном геле (см. раздел 1) фрагменты
ДНК, различающиеся по размеру,
можно легко разделить, а затем
исследовать каждый фрагмент
отдельно.
Короткие фрагменты
мигрируют намного быстрее, чем
длинные. При сравнительно высокой
концентрации агарозы большие
фрагменты вообще не могут
проникнуть в гель. В процессе
миграции рестрикционные фрагменты
не деградируют, их можно элюировать
(вымывать) в виде биологически
активных двуцепочечных молекул.
При окрашивании гелей красителями,
связывающимися с ДНК, выявляется
набор полос, каждая из которых
отвечает рестрикционному фрагменту,
молекулярную массу которого
можно определить, проведя калибровку
с помощью ДНК с известными
молекулярными массами.
Сравнение размеров
фрагментов ДНК, полученных после
обработки определенного участка
генома набором рестрицирующих
нуклеаз позволяет построить
рестрикционную карту, на которой
указано положение каждого сайта
рестрикции относительно других
участков.
Молекулу ДНК длиной
5000 пар нуклеотидов (п. н.). обрабатывают
отдельно рестриктазами А и
В. Фрагменты разделяют электрофорезом.
Фермент А разрезал ДНК на 4
фрагмента размером 2100, 1400, 1000 и 500
п. н. Обработка рестриктазой
В дала 3 фрагмента: 2500, 1300 и 1200 п.
н. (рис. 37). Для определения расположения
сайтов рестрикции этих ферментов
на следующем этапе применяют
процедуру двойного расщепления
– обрабатывают ДНК двумя эндонуклеазами.
Обработка изучаемого фрагмента
одновременно двумя рестриктазами
дала 6 фрагментов: 1900, 1000, 800, 600, 500, 200 п.
н.
Рис. 1. Результаты электрофореза
после обработки фрагмента ДНК
разными рестриктазами
Наиболее полный вариант
– элюировать каждый фрагмент,
образующийся в результате расщепления
одной рестриктазой, а затем обработать
его второй. Смесь фрагментов, полученных
после такой обработки, также
анализируют с помощью электрофореза.
В нашем примере были получены
следующие результаты:
Обработка каждого
из 4-х А-фрагментов рестриктазой
В
2100 - 1900 и 200,
1400 - 800 и 600,
1000 - 1000 (изменений нет)
500 - 500 (изменений нет)
Обработка каждого
из 3-х В-фрагментов рестриктазой
А
2500 - 1900 и 600
1300 - 800 и 500
1200 - 1000 и 200
Анализ полученных
результатов показывает, что каждый
из ферментов, полученный при
расщеплении А-фрагментов рестриктазой
В можно обнаружить в образцах,
полученных при расщеплении В-фрагментов
рестриктазой А. Ключом к рестрикционному
картированию являются перекрывающиеся
фрагменты. Такими в рассматриваемом
примере являются В-фрагмент 2100 и
А-фрагмент 2500. При обработке другой
рестриктазой они дают фрагмент
1900.
Из данных о расщеплении
этих фрагментов мы предполагаем,
что с одной стороны на расстоянии
200 п. н. от фрагмента 1900 находится
следующий А-сайт, а с другого
конца, на расстоянии 600 п. н.
– следующий В-сайт (рис. 38). При
обработке двумя эндонуклеазами
фрагмент 200 п. н. образуется 1 раз,
при обработке рестриктазой А
из В-фрагмента 1200, т. е. фрагмент
1200 лежит слева. Остается определить,
как продолжается карта вправо.
Очевидно, это А-фрагмент 1400, так
как он рассечен рестриктазой
В на фрагменты 600 и 800. Вправо
от фрагмента 2500 следует отложить,
очевидно, фрагмент 1300. Тогда логично
наличие А-фрагмента 500 и деления
В-фрагмента 1300 рестриктазой А
на 800 и 500.
При построении рестрикционных
карт обычно используют несколько
рестриктаз, поэтому приходится
анализировать сложные соотношения
между фрагментами, полученными
при действии разных ферментов.
Для упрощения процедуры картирования
можно применять неполное расщепление.
В определенных условиях рестриктаза
узнает и расщепляет не все
сайты в молекуле ДНК. Например,
при частичном расщеплении ДНК
ферментом А могут образовываться
фрагменты 3100 п. н., 1400 п. н. и
500 п. н. Сопоставив их с данными
полного расщепления (2100, 1400, 1000 и
500), можно сразу поставить рядом
2100 и 1000 (фрагмент 3100). А получив
фрагмент 3500 – расположить рядом
2100 п. н. и 1400 п. н.
Рис. 2. Анализ фрагментов рестрикции
и карта фрагмента ДНК
Другой прием – введение
радиоактивной концевой метки.
Концевые фрагменты определяются
в этом случае по включению
метки. Можно также сопоставить
фрагменты путем гибридизации
нуклеиновых кислот. Перекрывающиеся
фрагменты (в данном случае 2100
и 2500) будут гибридизоваться.
Первая карта была
получена для вируса SV40 (обезьяний
вирус, вызывающий злокачественную
трансформацию), содержащего 5423 пары
оснований. Использовали рестриктазу
Hind-II, расщепляющую кольцевую ДНК
вируса на 11 фрагментов. Порядок
их расположения в ДНК был
установлен путем исследования
наборов фрагментов, образующихся
по мере того, как расщепление
доходит до конца. Первый разрыв превращал
кольцевую молекулу в линейную, которая
затем расщеплялась на все меньшие и меньшие
фрагменты. Исследовали вначале наборы
перекрывающихся фрагментов, а затем продукты
полного расщепления. Таким образом была
получена рестрикционная карта кольцевой
вирусной ДНК, на которую были нанесены
сайты расщепления рестриктазой. Повторив
подобные эксперименты с другой рестриктазой
можно получить более подробную карту,
где отмечено много сайтов рестрикции.
Располагая такой информацией,
можно идентифицировать на ДНК
биологически важные участки.
Поскольку рестрикционная карта
отражает расположение определенной
последовательности нуклеотидов
в данном участке, сравнение
таких карт для двух или
более родственных генов позволяет
оценить гомологию между ними.
Анализируя рестрикционные карты,
можно сравнивать определенные
участки ДНК разных видов животных
без определения их нуклеотидной
последовательности. Таким образом,
например, было установлено, что
хромосомные участки, кодирующие
цепи гемоглобина у человека,
орангутанга и шимпанзе сохранились
в практически неизменном виде
в течение последних 5 - 10 млн.
лет (с тех пор как виды
дивергировали).
Метод рестрикционного
картирования позволяет увидеть
крупные генетические изменения,
такие как делеции или инсерции.
При этом происходит уменьшение
или увеличение рестрикционных
фрагментов, а также исчезновение
или возникновение сайтов рестрикции.
Один из приемов
картирования – фингерпринт («метод
отпечатков пальцев» или DNA-fingerprint).
Он подразумевает использование
неупорядоченных и неполных наборов
фрагментов, которые являются характеристикой
генома, хотя описывает его не
полностью.
1.2 Обратная транскриптаза
Обратная транскриптаза
используется для транскрипции
м-РНК в комплементарную цепь
ДНК. При изучении ретровирусов,
геном которых представлен молекулами
одноцепочечной РНК, было обнаружено,
что в процессе внутриклеточного
развития ретровирус проходит
стадию интеграции своего генома
в виде двухцепочечной ДНК
в хромосомы клетки-хозяина. В
1964 г. Темин выдвинул гипотезу
о существовании вирусспецифичного
фермента, способного синтезировать
на РНК-матрице комплементарную
ДНК. Усилия, направленные на выделение
такого фермента, увенчались успехом,
и в 1970 г. Темин с Мизутани,
а также независимо от них
Балтимор открыли искомый фермент
в препарате внеклеточных вирионов
вируса саркомы Рауса. Данная
РНК-зависимая ДНК-полимераза получила
название обратная транскриптаза,
или ревертаза.
Наиболее детально
изучена ревертаза ретровирусов
птиц. Каждый вирион содержит
около 50 молекул этого фермента.
Обратная транскриптаза состоит
из двух субъединиц — a (65 кДа)
и b (95 кДа), присутствующих в эквимолярном
количестве. Обратная транскриптаза обладает,
по крайней мере, тремя ферментативными
активностями:
1) ДНК-полимеразной, использующей
в качестве матрицы как РНК,
так и ДНК;
2) активностью РНКазы
Н, гидролизующей РНК в составе
гибрида РНК—ДНК, но не одно-
или двухцепочечную РНК;
3) ДНК-эндонуклеазной активностью.
Первые две активности
необходимы для синтеза вирусной
ДНК, а эндонуклеаза, по-видимому,
важна для интеграции вирусной
ДНК в геном клетки-хозяина.
Очищенная обратная транскриптаза
синтезирует ДНК как на РНК-,
так и на ДНК-матрицах. Чтобы
начать синтез, ревертазе, как
и другим полимеразам, необходим
короткий двухцепочечный участок
(праймер). Праймером может служить
одноцепочечный сегмент как РНК,
так и ДНК, которые в процессе
реакции оказываются ковалентно
связанными с новосинтезированной
цепью ДНК.
Рис. 3. Схема синтеза двухцепочечных
ДНК-копий молекул РНК
Обратную транскриптазу
преимущественно используют для
транскрипции матричной РНК в
комплементарную ДНК (кДНК). Реакцию
обратной транскрипции проводят
в специально подобранных условиях
с использованием сильных ингибиторов
РНКазной активности. При этом
удается получать полноразмерные
ДНК-копии целевых молекул РНК.
В качестве праймера при обратной
транскрипции поли (А)-содержащих
мРНК используют олигo (dT), а для
молекул РНК, не имеющих З'-поли
(А) концов, — химически синтезированные
олигонуклеотиды, комплементарные
З'-концу изучаемой РНК. После
синтеза на мРНК комплементарной
цепи ДНК и разрушения РНК
(обычно применяют обработку щелочью)
осуществляют синтез второй цепи
ДНК. При этом используют способность
ревертазы образовывать на 3'-концах
одноцепочечных кДНК самокомплементарные
шпильки, которые могут выполнять
функции праймера.
Матрицей служит первая
цепь кДНК. Данная реакция может
катализироваться как ревертазой,
так и ДНК-полимеразой I E. coli. Показано,
что сочетание этих двух ферментов
позволяет повысить выход полноценных
двухцепочечных молекул кДНК. По
окончании синтеза первая и
вторая цепи кДНК остаются
ковалентно связанными петлей
шпильки, служившей праймером
при синтезе второй цепи. Эту
петлю расщепляют эндонуклеазой
S1, специфически разрушающей одноцепочечные
участки нуклеиновых кислот. Образующиеся
при этом концы не всегда
оказываются тупыми, и для повышения
эффективности последующего клонирования
их репарируют до тупых с помощью фрагмента
Кленова ДНК-полимеразы I E. coli. Полученную
двухцепочечную кДНК можно затем встраивать
в клонирующие векторы, размножать в составе
гибридных молекул ДНК и использовать
для дальнейших исследований.
1.3 Лигазы
В 1961 г. Мезельсон
и Вейгл на примере фага l показали,
что рекомбинация включает разрыв
и последующее воссоединение
молекул ДНК. Это положило начало
поискам фермента, участвующего
в сшивании фрагментов ДНК.
В 1967 году такой фермент был
найден и получил название
ДНК-лигаза. Он катализирует синтез
фосфодиэфирной связи в 2-х
цепочечной молекуле нуклеиновой
кислоты.
Иными словами, ДНК-лигазы
сшивают рядом расположенные
нуклеотиды, образуя связь между
остатками сахаров. ДНК-лигазы
абсолютно необходимы в процессах
репарации ДНК, в процессах
репликации - при удвоении цепи
ДНК.
Существует 2 типа ДНК-лигаз,
отличающихся по потребностям
в кофакторах и способу действия.
ДНК-лигаза E. coli в качестве кофактора
использует дифосфопиридиннуклеотид,
а лигаза фага Т4 - АТФ в присутствии
Mg2+. Лигаза фага Т4 более универсальна,
так как помимо лигирования
липких концов способна катализировать
реакцию воссоединения двухцепочечных
фрагментов ДНК с тупыми концами.
Она используется чаще.
2 Введение нового гена
в клетку
Ввести рекомбинантный
ген в клетку можно 2 способами:
используя вектора или путем
прямого введения.
Требования к векторной
ДНК, ее состав
Вектор - молекула ДНК
или РНК, состоящая из двух
компонентов: векторной части
(носителя) и клонируемого чужеродного
гена. Задача вектора – донести
выбранную ДНК в клетку-рецепиент,
встроить ее в геном, позволить
идентификацию трансформированных
клеток, обеспечить стабильную экспрессию
введенного гена.
Таким образом, вектор
должен быть небольшим, способным
поддерживаться в клетке-хозяине
(реплицироваться), многократно копироваться
(ампфлицироваться), экспрессировать
соответствующий ген (содержать
соответствующие регуляторные последовательности),
должен иметь маркерный ген,
позволяющий различать гибридные
клетки для эффективной селекции
их; должен быть способен передаваться
в клетку соответствующего организма.
Регуляторные последовательности,
отвечающие за стабильную экспрессию
гена, будут рассмотрены позднее.
Можно выделить 2 группы
маркерных генов, позволяющие
отличить трансформированные клетки:
1. Селективные гены, отвечающие
за устойчивость к антибиотикам
(канамицину, тетрациклину, неомицину
и др.), гербицидам (у растений). Это
могут быть гены ауксотрофности
по какому-либо субстрату и
т.д. Основной принцип работы
такого маркера – способность
трансформированных клеток расти
на селективной питательной среде,
с добавкой определенных веществ,
ингибирующих рост и деление
нетрансформированных, нормальных
клеток.